На этом основании Балхашский городской суд вынесло постановление об аресте Букенова сроком на 2 месяца, для досудебного расследования уголовного дела по ст. 419 ч. 3 (Заведомо ложный донос соединенное с обвинением лица в совершении коррупционного преступления либо совершенное из корыстных побуждении).
После постановления суда об аресте 29 июля его этапировали в следственный изолятор АК-159/1 (СИ-16) г. Караганды. В данный момент Санату Букенова представлен государственный защитник, который не хочет раскрывать детали уголовного дела.
Вместе с тем, гражданская жена Саната Букенова хочет получить права быть вторым защитником в суде. Данное ходатайство она направила в Департамент агентства гос. службы и противодействия коррупции по Карагандинской области, где ей ответили, что пока сам Санат Букенов не напишет письменное заявление, они решить не могут.
Последнее громкое заявление Санат Букенов сделал в 2014 году, обнародовав информацию о том, что в Балхаше городские власти якобы при попустительстве прокуратуры отнимают жилье у сирот. Как он сообщил, у детей-сирот, находящихся под государственной опекой, должно сохраниться имущество, которое передается им по наступлению совершеннолетия. Однако, не дожидаясь наступления 18-летия, жилье «выводится из легального экономического оборота, продают и искусственно увеличивают список детей-сирот для получения жилища из госжилфонда».
Его попытки добиться справедливости, по словам правозащитника, обернулись преследованием его самого, причем главным органом преследования как раз таки стала прокуратура (см. «Чем меньше город, тем больше проблем с законом»).
